Nhà vua cũng bị lôi cuốn vào cuộc khủng hoảng chính trị tại Thái Lan trong năm 2005-2006. Tháng 4 năm 2005, Thủ tướng Thaksin Shinawatra chủ toạ một buổi lễ công quả tại Chùa Emerald Buddha, thánh địa của Phật giáo Thái Lan. Tờ Phoochatkarn, một nhật báo ở Bangkok, cho rằng Thaksin cướp quyền quốc vương qua hành động chủ toạ buổi lễ. Chủ báo Phoochatkan, Sondhi Limthongkul, đẩy mạnh việc sử dụng các khẩu hiệu như "Chúng ta yêu Quốc vương", "Chúng ta chiến đấu cho Quốc vương", "Trả quyền lực về cho Nhà Vua" như là một công cụ trong các cuộc biểu tình chống Thaksin. Trong thực tế, Bhumibol đã chuẩn thuận cho Thaksin chủ toạ buổi lễ, song Sondhi cứ tiếp tục sử dụng các khẩu hiệu ủng hộ hoàng gia nhẳm trong các cuộc biểu tình chống Thaksin cho đến khi Thaksin phải tuyên bố từ chức, sau một cuộc hội kiến với Bhumibol.

Trong những tuần lễ trước cuộc bầu cử quốc hội vào tháng 4 năm 2006, liên minh chống Thaksin (bao gồm Đảng Dân chủ, Liên minh Nhân dân vì Dân chủ, và Hiệp hội Luật Thái Lan) thỉnh cầu nhà vua bổ nhiệm thủ tướng và nội các thay thế nhằm giải quyết cuộc khủng hoảng, nhưng yêu cầu này vấp phải nhiều sự chống đối. Bhumibol, trong bài diễn văn đọc ngày 26 tháng 4, trả lời rằng "Thỉnh cầu Quốc vương bổ nhiệm thủ tướng là không dân chủ. Ấy là, tôi xin lỗi, một sự lộn xộn. Đó là điều không hợp lý".

Một ngày sau khi tuyên bố chiến thắng trong cuộc bầu cử quốc hội, Thaksin đến gặp riêng Quốc vương Bhumibol. Chỉ vài giờ sau đó, hình ảnh của Thaksin đầy nước mắt xuất hiện trên truyền hình toàn quốc tuyên bố từ chối chức vụ thủ tướng và sẽ đi nghỉ xa lánh chính trường.

Trong một bài diễn văn hiếm hoi được truyền hình đọc trước các thẩm phán cao cấp, Bhumibol yêu cầu ngành tư pháp hành động để giải quyết cuộc khủng hoảng chính trị. Ngày 8 tháng 5 năm 2006, Toà án Hiến pháp tuyên bố không công nhận kết quả cuộc bầu cử tháng 4 và ra lệnh tổ chức một vòng tuyển cử mới.